1891'de Makedonya'nın Köprülü kasabasında doğdu. 21 yaşındayken amcasına saldıran bir Bulgar’ı öldürüp dağa çıktı. Müslüman Türk köylerine saldıran Sırp ve Bulgar çetelerine karşı kendi çetesini kurarak savaştı. Her çete reisi gibi Kaptan lakabını aldı. Balkan Savaşı çarpışmalarına katıldı. I. Dünya Savaşı'nda gizli haber alma örgütü Teşkilat-ı Mahsusa'dan, örgüte katılma teklifi gelince hemen kabul etti. Teşkilat-ı Mahsusa’da bulunduğu sürede iki görev üstlendi. İlkinde, Sırplara karşı sabotaj eylemleri gerçekleştirdi. İkincisinde ise Halil Paşa’nın Irak cephesindeki mücadelesinde, Arap aşiretlerinin çöl çeteciliği taktiğine, karşı-çeteci eylemler üretti. İttihat ve Terakki’nin ünlü silahşörü Yakup Cemil ile Irak Cephesi’nden dönerken tanıştı ve yeni bir kabine kurmak için başlattıkları mücadelede tutuklanıp yargılandılar. Yakup Cemil idam edildi, Yahya Kaptan ise Irak’a sürgüne gönderildi.
I.Dünya Savaşı bittiğinde, Osmanlı orduları merkeze çekilirken, Yahya Kaptan da İstanbul’a geldi. Ama Teşkilat-ı Mahsusa dağıtıldığından İstanbul’da kalamadı. Eski İttihatçıların kurduğu gizli örgütlerden en önemlisi olan Karakol Cemiyeti’nin Menzil gurubuna katıldı. Yenibahçeli Şükrü Bey liderliğindeki Menzil Gurubu, Anadolu’da başlaması olası mücadeleye malzeme ve insan aktarımını sağlamak için Kocaeli Yarımadası’nı kontrol altında tutmayı amaçlamıştı.
Dağınık birlikler toplanarak başına Yahya Kaptan getirildi, Kurtuluş Savaşı başlarında Mustafa Kemal ile ilişki kurdu ve onun direktifleri, İstanbul'daki Karakol Cemiyeti'nin de yardımlarıyla İstanbul'dan Anadolu'ya geçmek isteyenlere yardım etti. Gebze'de Kuvay-ı Milliye'yi örgütleyerek İstanbul-Kocaeli yöresinde çeşitli eylemlere girişti. İstanbul'da Bekirağa Bölüğü'nü basarak Halil Paşa, Şadi Bey ve Talat Bey'in kaçırılmasını sağladı. Aralık 1918’de Tavşancıl'da konuşlanmış, Ahırkapı (İstanbul) Cephaneliği Baskını, Darıca Un Deposu Baskını, Rum çetelerinin imhası gibi önemli hizmetler yapmıştı. İstanbul Hükümeti kuvetleriyle Tavşancıl'da girdiği çarpışmada yakalandı ve 9 Ocak 1920'de başı kesilerek öldürüldü. Adı İzmit'te pek çok yere verilmiş ve öldürüldüğü yere Mustafa Kemal'in emriyle anıtı dikilmiştir.
I.Dünya Savaşı bittiğinde, Osmanlı orduları merkeze çekilirken, Yahya Kaptan da İstanbul’a geldi. Ama Teşkilat-ı Mahsusa dağıtıldığından İstanbul’da kalamadı. Eski İttihatçıların kurduğu gizli örgütlerden en önemlisi olan Karakol Cemiyeti’nin Menzil gurubuna katıldı. Yenibahçeli Şükrü Bey liderliğindeki Menzil Gurubu, Anadolu’da başlaması olası mücadeleye malzeme ve insan aktarımını sağlamak için Kocaeli Yarımadası’nı kontrol altında tutmayı amaçlamıştı.
Dağınık birlikler toplanarak başına Yahya Kaptan getirildi, Kurtuluş Savaşı başlarında Mustafa Kemal ile ilişki kurdu ve onun direktifleri, İstanbul'daki Karakol Cemiyeti'nin de yardımlarıyla İstanbul'dan Anadolu'ya geçmek isteyenlere yardım etti. Gebze'de Kuvay-ı Milliye'yi örgütleyerek İstanbul-Kocaeli yöresinde çeşitli eylemlere girişti. İstanbul'da Bekirağa Bölüğü'nü basarak Halil Paşa, Şadi Bey ve Talat Bey'in kaçırılmasını sağladı. Aralık 1918’de Tavşancıl'da konuşlanmış, Ahırkapı (İstanbul) Cephaneliği Baskını, Darıca Un Deposu Baskını, Rum çetelerinin imhası gibi önemli hizmetler yapmıştı. İstanbul Hükümeti kuvetleriyle Tavşancıl'da girdiği çarpışmada yakalandı ve 9 Ocak 1920'de başı kesilerek öldürüldü. Adı İzmit'te pek çok yere verilmiş ve öldürüldüğü yere Mustafa Kemal'in emriyle anıtı dikilmiştir.
